Las instituciones educativas en el país que han tenido más reconocimiento y que se destacan por su calidad a nivel tanto nacional como internacional son la Universidad Nacional Autónoma de México y el Instituto Politécnico Nacional.
Según indica el Ranking Internacional de Universidad de Shangái, colocó a la UNAM y al IPN dentro de las 10 mejores universidades en América Latina y entre las mejores 200 y 500, respectivamente, a nivel mundial.
A nivel Nacional la UNAM ocupa el primer lugar, seguido del IPN. En Latinoamérica la UNAM ocupa el tercer puesto. Los dos primeros lugares los ocupan la Universidad de Buenos Aires, Argentina y la Universidad de São Paulo, en Brasil. Por su parte, el IPN se encuentra en el décimo lugar a nivel Latinoamérica.
Estas son las únicas dos universidades mexicanas que aparecen en el Ranking. En listas anteriores la UAM también había hecho aparición. La lista considera mil universidades para la lista. El IPN por su parte, ha estado por cuatro años consecutivos en el ranking.
Los criterios que se utilizan para integrar a las universidades en la lista tiene que ver con los proyectos de investigación que se llevan a cabo, la cantidad de alumnos que tienen, la cantidad de artículos que tienen publicados así como el reconocimiento nacional e internacional de los mismos, entre otros.