El sector salud del estado ha sido reconocido a nivel nacional en los últimos años debido al desempeño de sus universidades. Al cierre de 2016, los resultados del Examen Nacional para Aspirantes a Residencias Médicas (ENARM) ubicaron a la Universidad Autónoma de Aguascalientes (UAA) y a la Universidad Cuauhtémoc campus Aguascalientes (UCA) dentro de los primeros lugares en nivel académico en medicina.
Para esta prueba, la UAA obtuvo el lugar 12 de 111 universidades participantes. Su promedio fue de 65.739 puntos. La calificación más alta registrada corresponde a la Universidad Panamericana (campus Ciudad de México) con 73.46 puntos. De 222 aspirantes, 80 fueron seleccionados. Esto significa que el 36% de los estudiantes de la UAA logró acceder a una residencia médica.
Esta no ha sido la posición más alta de la UAA. En 2015, la universidad se ubicó en el lugar 5 de 130 universidades participantes. Sin embargo, su calificación reciente fue la mayor de los últimos tres años.
Para la Universidad Cuauhtémoc Aguascalientes, los resultados han mejorado en los últimos tres años. En 2014 tuvo 15 aspirantes, de los cuales sólo uno fue seleccionado y su puntuación promedio fue de 58.518 puntos, muy por debajo del resultado de la UAA en el mismo año (65.640). En 2015 tuvo 59 aspirantes, de los cuales 8 fueron seleccionados, y aumentó ligeramente su calificación al registrar 59.141 puntos.
En 2016 la UCA alcanzó 62.539 puntos y 22 de 96 aspirantes fueron seleccionados. Es decir, el 23% de sus egresados participantes fueron aceptados por una residencia médica. La diferencia con la UAA se acortó mucho más en esta ocasión, ya que sólo 3.2 puntos separaron a una universidad de otra.