A finales de julio de 2021 se creó un nuevo proyecto deportivo localizado en las costas del Pacífico Mexicano, el cual sería dirigido por Manuel Naya Barba; sin embargo no se sabía cuál sería la sede específica ni el nombre que llevaría el club.
El 30 de julio de 2021 las dudas cesaron y el nombre y sede del club se dieron a conocer, resultando el el club Tritones de Vallarta MFC con sede en Puerto Vallarta.
Tras la creación del club, los primeros jugadores adheridos al equipo fueron: Julián Barajas, Sergio Rodríguez, Kevyn Montaño, César Landa, Alan Jaramillo, José Coronel, Víctor Zúñiga y Bryan Álvarez.
Posteriormente, el equipo dio a conocer que buscará representar a la región que integra los municipios de Jalisco y Nayarit al formar futbolistas representativos de la zona, además de buscar llegar a la Liga Expansión MX en un plazo aproximado de dos años.
De tal manera, el 9 de septiembre de 2021 se presentó la estructura administrativa del club; la cual cuenta con Eduardo Rangel como propietario y presidente, Carlos Mardones como director deportivo y José Luis Real como encargado de fuerzas básicas.
Así, el equipo tuvo su debut oficial el 18 de septiembre de 2021: Durante este primer partido los Tritones de Vallarta derrotaron a domicilio al club Mineros de Fresnillo; finalizando el partido con un marcador 0-1; al minuto 60 Julián Barajas anotó el primer gol en la historia de la institución.
Los Tritones de Vallarta disputan sus partidos locales en la Ciudad Deportiva Bahía de Banderas en la localidad de San José del Valle, perteneciente al municipio de Bahía de Banderas en el estado de Nayarit.
Dicho estadio de fútbol tiene capacidad para cuatro mil espectadores. Sin embargo, la directiva del club planea la construcción de un estadio de fútbol en Puerto Vallarta en un periodo de tres años.
