En el cuarto lugar, la Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM) fue clasificada por el QS Top Universities como una de las mejores instituciones de América Latina en 2016.
Sobre la UNAM y en encabezando la lista de las mejores universidades se encontró a la Universidad de Sao Paulo, seguido de la UNICAMP, ambas de Brasil, y en el tercer puesto la Pontificia Universidad Católica de Chile.
Con esta clasificación, la UNAM sube 2 puestos respecto a 2015, del mismo modo lo hizo el Instituto Tecnológico y de Estudios Superiores de Monterrey, que ascendió del noveno al séptimo lugar. Sin embargo, la Universidad Iberoamericana tuvo una caída del lugar 23 al 22.
En cuanto a la Universidad Autónoma de Aguascalientes (UAA), aunque no se encuentra cerca de los primeros lugares, subió su posición de 2015 a 2016, pasando al grupo de las 200 mejores escuelas en Latinoamérica.
De las 25 mejores universidades dentro del ranking compuesto por poco más de 300, las instituciones Brasileñas fueron las que acapararon 9 de las primeras posiciones.