La Alhóndiga de Granaditas cobró gran importancia durante la lucha de Independencia de México, al ser el escenario principal de la toma de la ciudad de Guanajuato por parte de Miguel Hidalgo, Ignacio Allende y Mariano Abasolo. En este lugar se refugiaron las tropas realistas y varias familias peninsulares; sin embargo, es más conocida gracias a la hazaña de una sola persona.
Considerada la primera batalla independentista, la toma de la Alhóndiga de Granaditas en la ciudad de Guanajuato generalmente se celebra como un gran triunfo del bisoño e improvisado ejército de Hidalgo.
Se le considera un acto heroico colectivo, cuya culminación fue propiciada por un acto de heroísmo individual de un humilde minero que militaba en el ejército insurgente: El Pípila —cuya existencia real no está plenamente establecida—.
Este personaje protegido con una losa de piedra atada a la espalda, para evitar las balas de los españoles atrincherados, se acercó al portón del granero y le prendió fuego, lo que permitió que los atacantes pudieran entrar.
La Alhóndiga de Granaditas era un edificio sólido, rectangular, de poco más de 5 mil metros cuadrados, en el que buscaron refugio cientos de personas entre soldados, españoles y criollos. Allí fueron a dar niños, mujeres, hombres y ancianos, pero también víveres y bienes ordinarios o suntuosos de algunos de los refugiados. El pueblo llano fue dejado fuera a su suerte.
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El 28 de septiembre de 1810 entró Hidalgo con su ejército al lugar, y enterado de que Riaño, sus soldados y pobladores afines se encontraban refugiados en la alhóndiga, a ella se dirigió con sus huestes. Hidalgo envió un escrito a Riaño, con quien tenía lazos de amistad, instándolo a la rendición, ofreciéndole que si deponía las armas, tanto él como su familia serían tratados con decoro. Riaño no accedió.
Comenzó el combate. Las fuerzas de Hidalgo, aunque mal pertrechadas, superaban en miles a las de Riaño. Este, desesperado por la inmovilidad a que lo obligaba el encierro, salió de la alhóndiga con un grupo de soldados a combatir a los atacantes, pero casi inmediatamente cayó abatido.
Sin embargo, la solidez del edificio y la defensa férrea que los atrincherados hacían desde la azotea mediante disparos y bombas impedía la irrupción del ejército atacante. Fue entonces cuando El Pípila, mediante su osada maniobra, prendió fuego al portón de la alhóndiga. Consumido este, el ejército de Hidalgo penetró y masacró sin piedad, principalmente mediante golpes y cuchilladas, a soldados defensores, a hombres, a ancianos, a mujeres y a niños, y destrozó víveres y objetos.
Consumada la masacre en la alhóndiga, las huestes de Hidalgo procedieron a hacer lo mismo con el resto de la ciudad. Durante tres días se ensañaron con la población, los comercios, las casas y las haciendas.
Finalmente Hidalgo pudo tomar medidas para el tratamiento de los prisioneros, para el nuevo gobierno independiente provisional de la ciudad y para que su ejército partiera a seguir su destino. No sabía él entonces que el 14 de octubre del año siguiente, su cabeza, dentro de una jaula, llegaría a la Alhóndiga de Granaditas para ser colgada de una de las esquinas, y que permanecería ahí por casi diez años.
