De acuerdo con el Programa de Resultados Electorales Preliminares (PREP) 2021, en el estado ganaron las presidencias municipales de 12 ayuntamientos los candidatos del Partido Acción Nacional (PAN), así como el Partido Verde Ecologista de México (PVEM) logró aventajar en dos alcaldías en el estado, al igual que dos candidaturas independientes; seguidos de Morena y el Partido Revolucionario Institucional (PRI), con la delantera de un candidato de cada movimiento político.
Con 2 mil 830 actas capturadas del estado, de las 2 mil 853, y con 832 mil 995 votos contabilizados, el PREP apunta que el PAN tiene una ventaja en los municipios El Marqués, Corregidora, Querétaro, San Juan del Río, Landa de Matamoros, Tolimán, Cadereyta de Montes, Pedro Escobedo, Ezequiel Montes, Colón, Pinal de Amoles y Peñamiller; el PRI obtiene el triunfo en Amealco de Bonfil; Morena, en Arroyo Seco; PVEM, Huimilpan y San Joaquín; así como candidatos independientes en Tequisquiapan y Jalpan de Serra.
Cabe destacar que, según indica el Instituto Nacional Electoral (INE), estos resultados no son definitivos, puesto que los oficiales se darán a conocer al finalizar los cómputos distritales y municipales, mismos que comenzarán el miércoles 9 de junio.
| Municipio | Candidato (a) | Partido político | Porcentaje de votos |
| Querétaro | Luis Nava Guerrero | PAN/Querétaro Independiente | 47.96% |
| Corregidora | Roberto Sosa Pichardo | PAN | 60.77% |
| El Marqués | Enrique Vega Carriles | PAN | 48.60% |
| San Juan del Río | Roberto Cabrera Valencia | PAN | 44.12% |
| Landa de Matamoros | Marina Ponce Camacho | PAN | 40.21% |
| Tolimán | María Guadalupe Alcántara | PAN | 28.83% |
| Cadereyta | Miguel Martínez Peñaloza | PAN | 37.4% |
| Pedro Escobedo | Isidro Bárcenas Reséndiz | PAN | 46.47% |
| Ezquiel Montes | Magda Guadalupe Pérez Montes | PAN/Querétaro Independiente/PRD | 38.71% |
| Colón | Leopoldo Bárcenas Hernández | PAN/Querétaro Independiente | 31.93% |
| Pinal de Amoles | María Ramírez Plaza | PAN | 44.35% |
| Peñamiller | Juan Carlos Linares Aguilar | PAN | 51.87% |
| Amealco de Bonfil | René Mejía Montoya | PRI | 36.6% |
| Arroyo Seco | Ofelia del Castillo Guillén | Morena | 35.94% |
| Huimilpan | Juan Guzmán Cabrera | PVEM | 26.87% |
| San Joaquín | Carlos Manuel Ledesma Robles | PVEM | 45.72% |
| Tequisquiapan | José Antonio Mejía Lira | Independiente | 20.58% |
| Jalpan de Serra | Efraín Muñoz Cosme | Independiente | 39.55% |
Municipio de Querétaro
El presidente municipal con licencia de Querétaro, Luis Bernardo Nava Guerrero, fue reelegido como alcalde de la localidad más grande del estado, de acuerdo con el PREP, la cual alberga a más de un millón de habitantes. El representante de dicho municipio estuvo abanderado por los partidos PAN y Querétaro Independiente.
Municipio Corregidora
Según los resultados preliminares, Roberto Sosa Pichardo también fue reelegido como alcalde de Corregidora y su candidatura fue respaldada por el PAN.
Municipio El Marqués
El candidato del PAN, Enrique Vega Carriles, se perfila con el virtual ganador de la presidencia municipal de El Marqués, de acuerdo con el PREP.
Municipio San Juan del Río
Roberto Cabrera Valencia sería el nuevo alcalde de San Juan del Río, lugar que ganaría de la mano de su partido el PAN.
Municipio Landa de Matamoros
Por un periodo de tres años fue reelegida la virtual presidenta municipal de Landa de Matamoros, Marina Ponce Camacho, de la mano con su partido político el PAN.
Municipio Tolimán
María Guadalupe Alcántara también fue reelegida en el municipio de Tolimán, quien estuvo abanderada por el PAN en las elecciones.
Municipio Cadereyta de Montes
El municipio Cadereyta de Montes será representado, según los resultados preliminares, por Miguel Martínez Peñaloza del Partido Acción Nacional.
Municipio Pedro Escobedo
Isidro Amarildo Bárcenas Reséndiz asumiría por segunda vez la presidencia municipal de Pedro Escobedo, quien fue abanderado del PAN en esta candidatura.
Municipio Ezequiel Montes
La candidata del PAN, en coalición con PRD y Querétaro Independiente, en el municipio Ezequiel Montes, Magda Guadalupe Pérez Montes, mejor conocida como Lupita, sería la nueva alcaldesa de esa localidad, de acuerdo con el PREP.
Municipio Colón
«Polo» Bárcenas Hernández, candidato del PAN y Querétaro Independiente, sería el nuevo alcalde de Colón, de acuerdo con los resultados preliminares.
Municipio Pinal de Amoles
Pinal de Amoles se vistió de azul, puesto que la candidata abanderada del PAN, María «Lupita» Ramírez Plaza sería la nueva presidenta municipal.
Municipio Peñamiller
De acuerdo con los resultados preliminares, Juan Carlos Linares Aguilar sería por segunda ocasión el presidente municipal de Peñamiller, mismo que fue abanderado por el PAN.
Municipio Amealco de Bonfil
El candidato del Partido Revolucionario Institucional (PRI), René Mejía Montoya, sería el nuevo presidente municipal de Amealco de Bonfil.
Municipio Arroyo Seco
La candidata de Morena y regidora con licencia de esa localidad, Ofelia del Castillo Guillén, se habría convertido en la nueva presidenta municipal de Arroyo Seco, según indican los resultados preliminares de las votaciones.
Municipio Huimilpan
Juan Guzmán Cabrera se habría convertido en el nuevo alcalde del municipio Huimilpan por el Partido Verde Ecologista de México (PVEM).
Municipio San Joaquín
Carlos Manuel Ledesma Robles se habría convertido en el nuevo alcalde del municipio San Joaquín por el Partido Verde Ecologista de México (PVEM).
Municipio Tequisquiapan
El candidato independiente, José Antonio Mejía Lira, fue reelegido como presidente municipal del municipio de Tequisquiapan.
Municipio Jalpan de Serra
Efraín Muñoz Cosme, conocido ganadero, se convertiría en el nuevo alcalde del municipio Jalpan de Serra como candidato independiente.
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