De acuerdo al Gobierno del Estado de Jalisco, las principales actividades económicas del municipio en concordancia con la población ocupada, el sector primario consiste en actividades de agricultura, ganadería, silvicultura y pesca. Por su parte, el sector secundario pertenece a la industria extractiva, manufacturera, de construcción, electricidad y agua; mientras que el terciario al sector de servicios, con profesiones como comercio, transporte, comunicaciones, administración pública, y sobre todo, turismo.
En cuanto a empresas o negocios existentes en Puerto Vallarta, con base al Directorio Estadístico Nacional de Unidades Económicas (DENUE), previo a la pandemia por COVID-19 había 16 mil 166 empresas registradas en la región -excluyendo a los sectores público y agropecuario-.
Distribución de empresas por sector
El Instituto de Información Estadística y Geográfica de Jalisco (IIEGJ) con base en el DENUE, dio a conocer la distribución por sectores de las empresas vallartenses, donde se revela un predominio de unidades económicas dedicadas a los servicios, siendo estas el 51.47% del total de las empresas en el municipio.
La distribución también indica que de la totalidad de empresas, el 39.05% pertenece al comercio, mientras que el 6.61% a industrias manufactureras y el 1.07% a transportes.
El resto pertenecen a actividades legislativas (0.77%), construcción (0.45%), medios masivos (0.28%), generación de electricidad y captación del agua (0.18%), agricultura (0.12%) y minería (0.01%).

Asimismo, el IIEGJ reportó que la empresa con mayor tiempo desde su fundación o establecimiento inició actividades en 1970.
Como resultado, Puerto Vallarta es actualmente el quinto municipio con mayor empresas establecidas en el estado, asimismo califica como el número uno en el ranking regional del IIEGJ.